Em 1498 foi construída a Igreja da Misericórdia, à qual foi adossado posteriormente o hospital da mesma casa. Sofreu restauros e ampliações nos sécs. XVI e XVII, acabando por ser instituída igreja paroquial, dedicada a Santa Maria, aquando da destruição pelo terramoto de 1755 do antigo templo da paróquia. Edifício de arquitectura neoclássica composto por nave única com três capelas colaterais e sacristia adossada à fachada lateral esquerda. Com a frente voltada à Praça do Infante, apresenta uma composição simétrica, tendo como elementos centrais sobrepostos, a porta da entrada, a janela da sacada e um nicho para imagem. A simetria é reforçada pelas duas torres laterais, com campanários. O interior encontra-se enriquecido com retabulística da segunda metade do século 18.
Edificada em 1707, foi reconstruída após o terramoto ter destruído a maior parte do edifício e da sua talha dourada. É uma construção em estilo Barroco, cuja simplicidade exterior contrasta com a riqueza decorativa do interior. A decoração em talha dourada é considerada das mais belas do País. A obra do retábulo, que sobreviveu ao terramoto, foi encomendada em 1718 ao entalhador Gaspar Martins. A restante obra de talha é atribuída ao entalhador Custódio Mesquita. O tecto, imitação de uma abóbada de berço, apresenta pintura em perspectiva, com as armas de Portugal ao centro. No altar, sobre o trono, está colocado o padroeiro Santo António, com o Menino no braço. Um silhar de azulejos azuis e brancos complementa este interior, onde predomina um forte sentido de ilusão e imaterialidade, provocada pela conjugação do brilho do ouro e do azulejo. No pavimento da igreja, a lápide sepulcral de Hugo Beaty, Comandante do Regimento de Infantaria de Lagos e responsável pela reedificação da Igreja em 1769.
